Ochrona przed wirusami plików wykonywalnych 

Pliki wykonywalne można, oprócz sprawdzenia programem antywirusowym, dodatkowo można przeanalizować przy użyciu strony analizującej pliki pod kątem ich zainfekowania (np. virustotal.com). Dzięki temu rozwiązaniu można mieć pewność, że dany plik jest/nie jest zainfekowany.

Ochrona przed bombami logicznymi i końmi trojańskimi 

Konie trojańskie i bomby logiczne ze względu na sposób działania są trudne do wykrycia, gdyż właściwy, destrukcyjny kod może być umieszczony w dowolnym miejscu programu i trudno go odnaleźć. Niekiedy jest to wręcz niemożliwe. Z pomocą przychodzi tu technika heurystyczna. Polega ona na wykrywaniu potencjalnych agresorów na podstawie charakterystycznych sekwencji kodu. Programy poszukujące koni trojańskich w podejrzanych plikach najczęściej szukają w nich instrukcji wywołań przerwań programowych. Są to przerwania 13h lub 26h, używane do odczytywania i zapisywania sektorów. Ze względu na swe działanie, przerwania te występują bardzo rzadko w typowym oprogramowaniu użytkowym, gdyż normalne programy nie korzystają z bezpośrednich operacji zapisu na sektorach. Potencjalnymi końmi trojańskimi są także najnowsze wersje typowych i często używanych programów użytkowych, programów kompresujących czy nawet antywirusowych, zatem należy się z nimi obchodzić bardzo ostrożnie i przed uruchomieniem ich wypada je przeskanować. Dobrym rozwiązaniem, pozwalającym uchronić się przed większością koni trojańskich i bomb, może być zainstalowanie monitora antywirusowego. Konie trojańskie są zwykle pisane przez początkujących programistów, którzy do przeprowadzania destrukcji używają przerwań programowych, a te mogą być łatwo przechwytywane i kontrolowane przez monitor.

Ochrona przed makrowirusami 

Bez programu antywirusowego trudno jest wykryć wirusy w plikach dokumentów DOC czy XLS, ale istnieją metody aby zminimalizować szansę zainfekowania systemu. Można w tym celu:

• wyłączyć wszystkie makra automatyczne przy pomocy własnoręcznie napisanego makra:

SUB MAIN
DisableAutoMacros 1
END SUB

• aby przy uruchamianiu Worda wyłączyć makro AutoExec należy uruchamiać aplikację z parametrem m:

WINWORD.EXE /M

• podczas wczytywania plików trzymać wciśnięty klawisz SHIFT, co spowoduje zablokowanie automatycznego makra AutoOpen

• od czasu do czasu przeglądać listę makr zawartych w szablonie NORMAL.DOT. Jeżeli zawiera ona jakieś makra automatyczne lub makra o dziwnych, niespotykanych nazwach, możliwe, iż szablon jest zainfekowany. Makra można przeglądać za pomocą opcji wybieranych z menu Worda PLIK/SZABLONY/ORGANIZATOR/MAKRA, bądź też NARZĘDZIA/MAKRO

• ze względu na to, iż wirus może nie przejmować żadnego makra automatycznego, lecz tylko podmieniać polecenia menu (najczęściej menu PLIK/ZACHOWAJ, PLIK/ZACHOWAJ JAKO), powyższe środki mogą okazać się całkowicie nieskuteczne.

Profilaktyka antywirusowa 

Najlepszą metodą ustrzeżenia się przed wirusami jest ochrona prewencyjna, która opiera się na domyślnym odrzucaniu wszystkich plików, które docierają do naszego komputera. Niekiedy nawet pliki od zaufanych osób mogą zawierać wirusy, a osoby te mogą o tym po prostu nie wiedzieć. Ważnym elementem działań zapobiegawczych jest regularne tworzenie kopii awaryjnych dla najważniejszych plików, programów bądź dokumentów. Trzeba również regularnie tworzyć kopie zapasowe danych. W przypadku zainfekowania komputera nie należy od razu w panice formatować dysku twardego. Co więcej, wykonanie formatowania dysku wcale nie oznacza pozbycia się wirusa z systemu (np. w przypadku Viruta).