Wirusy można podzielić według wielu kryteriów. Przykładowy podział ze względu na infekowany obiekt:

• wirusy dyskowe, infekujące sektory startowe dyskietek i dysków twardych
• wirusy plikowe, które infekują pliki wykonywalne danego systemu operacyjnego
• wirusy skryptowe
• makrowirusy, których kod składa się z instrukcji w języku wysokiego poziomu, wykonywane przez interpreter.
• wirusy komórkowe, na razie rzadkie ale być może w przyszłości mogą stanowić istotne zagrożenie w związku z rozwojem oprogramowania dla telefonów komórkowych i dostępnych usług. Przykładem może być wirus Cabir napisany w 2004 roku.